安徽中医药大学创建于1959年,其前身为1952年创立的安徽省中医进修班(学校)。1959年,安徽省正式批准成立安徽中医学院,郭沫若先生题写校名。1970年,安徽中医学院并入安徽医学院。1975年,国家教育部批准恢复安徽中医学院。2000年,安徽省医药学校并入安徽中医学院。2011年,省批准在安徽中医学院的基础上组建成立安徽省中医药科学院。2013年,教育部同意安徽中医学院更名为安徽中医药大学。
"十二五"期间,学校将以邓小平理论、"三个代表"重要思想和科学发展观为指导,坚定中医信念,弘扬中医精神,秉承"至精至诚、惟是惟新"的理念,实施"质量立校、人才兴校、科技强校、特色弘校、文化塑校、和谐融校"的办学方略,围绕特色,强化优势,提升质量,着力培育"精诚是新"中医药人才,构筑安徽中医药协同创新高地,弘扬"北华佗南新安"中医药文化,引领安徽中医药事业产业发展,建成富有特色、卓有贡献、高水平有影响的安徽中医药大学,为建设美好安徽、服务人民大众健康做出更大贡献。